کتاب بهداشت عمومی در همه گیری کرونا

فهرست
عنوان صفحه
پیش‌گفتار 7
مقدمه 9
فصـل اول 17
آشنایی با ویروس کرونا 17
کرونا ویروس 17
تاریخچه 18
منشأ 20
ویروس کرونای انسانی 21
بيماريزايي 22
يافتههاي باليني 23
تشخيص آزمايشگاهي 24
اجزای ویروس 24
سروتایپهای ویروس 26
سرعت جهش ویروس 28
تأثیر جهش 28
طبقهبندي 28
ويروسشناسي 29
ساختار ژنتیکی، مکانیسم پاتوژنیک و پاتوژنز 19-COVID 31
شیوع 19-COVID 33
سرایت و پایداری 19-COVID 34
سیر بیماری کووید- 19 35
علائم بالینی و مشخصات آزمایشگاهی ابتلا به 19-COVID 38
۶ گروه متفاوت از علائم 42
کرونا و خستگی طولانیمدت 45
کووید 19 طولانیمدت 46
مشکلات پوستی نشاندهنده‌ی کرونا 46
عوارض کرونا 49
اهمیت زمان انجام آزمایش آنتیبادی در تشخیص دقیق ویروس کرونا 62
زمان آزمایش مجدد در بیماران کرونا 65
تفسیر نتایج آزمایشهای تشخیصی ویروس کرونای جدید 67
آزمایشهای غربالگری اولیه‌ی کرونا (کووید 19) 67
آزمایش CBC کرونا 67
آزمایش ESR 68
آزمایش CRP 68
آزمایش CPK 68
آزمایش LDH 69
تشخیص RNA ویروسی از طریق RT-PCR 69
تشخیص آنتیبادیهای ویروس کرونا 72
آسیب ویروس کرونا به سیستم اعصاب 74
اثر ویروس کرونا در از دست دادن حافظه 76
واکنش سیستم ایمنی و مغز در برابر کرونا 77
ویروس کرونا و میگرن 79
ارتباط کمبود ویتامین D با افزایش مرگ ناشی از کرونا 82
کرونا و سارس 84
سارس 85
مقایسه‌ی کرونا و سارس 87
مقایسه‌ی شیوع و انتقال کووید-19 و سارس 88
مقایسه‌ی فاکتورهای مولکولی کووید-19 و سارس 89
مقایسه‌ی اتصال گیرنده‌ی کووید-19 و سارس 89
کرونا و آنفولانزا 90
شباهت‌هایی بین کرونا و آنفولانزا 90
تفاوت COVID-19 با آنفولانزا 91
آنفولانزا 93
سرماخوردگی 101
آلرژی‌های فصلی 101
فهرست منابع فصل اول 103
فصـل دوم 107
گروه‌های در معرض خطر 107
گروههای در معرض خطر ابتلا به نوع عارضهدار کووید- 19 107
کرونا در کودکان 113
علائم کرونا در کودکان 116
نقش کودکان در شیوع کرونا در جامعه 117
کرونا و سالمندان 118
پیشگیری و مراقبت از بیماری کرونا در سالمندان 120
درمان کرونا در سالمندان 122
ماسک و کرونا در سالمندان 124
کرونا و فشارخون 126
کرونا و بارداری 128
تغذیه در دوران بارداری 134
شیردهی در کرونا 136
بیماری‌های کلیوی و کرونا 138
عوارض کلیوی در بیماری کووید- 19 138
معیارهای ترخیص 142
مراقبتهای بعد از ترخیص و تداوم جداسازی بیمار 143
کرونا و دیابت 143
کنترل قند خون در روزهای قرنطینه 152
کنترل قند خون در بیماران بستری 153
کنترل قند خون در بیماران بدحال بستری در بخشهای مراقبت ویژه 158
کرونا و سلامت روان 161
تنهایی طی دوران ویروس کرونا 165
پرورش روابط و ویروس کرونا 167
سلامت روان نوجوانان 170
گفتگو با فرزندانتان در مورد پاندمی ویروس کرونا 173
توصیههایی درباره‌ی سلامت روانی برای سالمندان 175
نگرانیهایی در ارتباط با امور مالی، مسکن و بیکاری طی شیوع ویروس کرونا 177
فهرست منابع فصل دوم 181
فصـل سوم 185
پیشگیری، تشخیص و درمان 185
اصول پیشگیری از کووید 19 185
توصیه‌های بهداشتی برای پیشگیری از ویروس کرونا در مجتمع‌های مسکونی 190
نقش منابع انسانی در جلوگیری از شیوع ویروس کرونا در محیط کار 191
اصول پیشگیری در مدارس 201
اصول پیشگیری در مسافرت 204
اصول پیشگیری هنگام خروج از منزل 205
اصول پیشگیری در مهمانی 206
اصول پیشگیری در اصناف 208
تشخیص 19-COVID 212
آزمایشهای تشخیصی کووید- 19 213
واجدین شرایط آزمایش کووید- 19 218
تعریف موارد بیماری 219
نحوه‌ی سرایت ویروس CONVID-19 221
درمان 19-COVID 225
پلاسماتراپی 226
واکسن BCG و 19-COVID 231
پيشگيري و کنترل 232
فهرست منابع فصل سوم 235
فصـل چهارم 237
مدیریت مراقبت و درمان موارد بستری 237
الگوریتم مدیریت درمان بیماران مبتلا به ARDS در ICU 248
راهنمای پذیرش بیماران در بخش مراقبتهای ویژه‌ی COVID 19 250
راهنمای حفاظت فردی برای پرسنل و بیماران در بخش مراقبتهای ویژه‌ی COVID 251
راهنمای ترخیص بیماران از بخش مراقبتهای ویژه‌ی COVID 19 252
مدیریت دلیریوم در مبتلایان به COVID 19 253
توصیه‌های متخصصان در مورد بهترین ماسک صورت 255
چند نکته برای مشاوره با مبتلایان و افراد در ارتباط با بیماری کووید- 19 269
قرنطینه و بهداشت روان 276
اقدامات لازم در هنگام قرنطینه‌ی خانگی برای افراد مبتلا به کووید ۱۹ 280
مراقبت از بیمار کرونایی در خانه 286
ضرورت قرنطینهی خانگی و نکات مهم آن 287
تست هوشمند کرونا 288
مدیریت تماس با فرد مبتلا 291
نقش تغذیه‌ی سالم در روند بهبودی بیمار 293
فهرست منابع فصل چهارم 307

خفاش‌های نعل‌بینی یکی از منابع طبیعی احتمالی برای ویروس Sars-Cov-2 است.
گمان می‌رود که حیوانات فروخته شده برای غذا منشأ یا واسطه این ویروس باشند زیرا بسیاری از نخستین کسانی که مبتلا شدند کارگرانی در بازار غذاهای دریایی هوانان بودند. در نتیجه، آنها در معرض تماس بیشتر با حیوانات قرار داشتند. بازاری که با فروش حیوانات زنده برای غذا نیز در شیوع سارس در سال ۲۰۰۳ مقصر شناخته شد. چنین بازارهایی برای عوامل بیماری‌زای جدید به عنوان انکوباتور در نظر گرفته می‌شوند. این شیوع باعث تحریم موقت تجارت و مصرف حیوانات وحشی در چین شده‌است. با این حال، برخی محققان گفته‌اند که بازار غذاهای دریایی هوانان ممکن است منبع اصلی انتقال ویروس به انسان نباشد. با اینکه تحقیقات اخیر در چین نشان می‌دهد که خفاش می‌تواند منشأ احتمالی این ویروس باشد، مصرف سوپ خفاش چندان در این کشور متداول نیست و تحقیقات دربارهٔ منشأ دقیق این ویروس ادامه دارد (23).
دکتر علی هرندی فوق دکتری واکسینولوژی و استاد ایمونولوژی بالینی و رئیس گروه تحقیقات ایمنی و واکسن در دانشگاه گوتنبرگ سوئد و عضو هیات علمی در انستیتو تحقیقات بیمارستان کودکان BC و دانشگاه بریتیش کلمبیا در گفتگویی با پلاک ۵۲ می گوید که شکل گیری و گسترش بیماری های واگیردار جدید نظیر سارس، مِرس، زیکا، ابولا و اخیراً Covid-19 تا حد زیادی نتیجه دست اندازی افسار گسیخته بشر به طبیعت و اختلال در اکوسیستم است که یکی از نتایج مخرب آن، دور کردن حیوانات وحشی از زیستگاه های طبیعی خود بوده است. در نتیجه میکروب ها و ویروس هایی که در جریان میلیون ها سال تکامل به صورت همزیستی با این حیوانات وحشی زندگی می کرده اند، نیاز به میزبان جدیدی پیدا کرده که این خود باعث می شود در ماده ژنتیکی آن ها جهش های بی شماری رخ دهد و این امکان را برایشان فراهم سازد تا سلول های انسانی را آلوده ساخته و موجب بیماری های جدید و ناشناخته در انسان شوند. شکل گیری و شیوع این بیماری های جدید -به ویژه بیماری های با منشاء ویروسی- در انسان در آینده نه احتمال، بلکه یک واقعیت است.
«با انجام توالی‌یابی دی‌ان‌ای به تعداد کافی، بازسازی یک درخت تبارزایی از تاریخ جهش یک خانواده ویروس‌ها امکان‌پذیر است. تحقیقات در مورد منشأ شیوع سارس در سال ۲۰۰۳ منجر به کشف بسیاری از کورون ویروس‌های خفاش مانند SARS که بیشتر از جنس Rhinolophus از خفاش‌های نعل اسب است. 2019-nCoV در این دسته از کورو ویروسی‌های مرتبط با SARS قرار می‌گیرد. دو توالی ژنوم از Rhinolophus sinicus منتشر شده در سال ۲۰۱۵ و ۲۰۱۷ شباهت ۸۰٪ با 2019-nCoV را نشان می‌دهد. ژنوم سوم ویروس از Rhinolophus affinis, “RaTG13″، شباهت ۹۶٪ با 2019-nCoV دارد. برای مقایسه، این میزان تغییر در بین ویروس‌ها مشابه میزان جهش مشاهده شده در طول ده سال در سویه ویروس آنفلوانزا انسانی H3N2 است».
در ۲۷ مارس دانشمندان اعلام کردند که کروناویروس پانگولین عامل شیوع کووید ۱۹ بوده‌است.
ویروس‌های مشابه با عامل بیماری که باعث ایجاد بیماری دنیاگیر شده، در پولک‌پوست‌های قاچاق یافت شده‌است. بطوریکه دانشمندان هشدار داده‌اند که پستانداران پولک‌دار برای جلوگیری از شیوع کروناویروس دیگری در آینده، لازم است که در بازار حیوانات ممنوع شوند.
مطالعه‌ای در دانشگاه سیدنی نشان داده که سارس-کاو ۲، ویروسی که باعث کووید ۱۹ می‌شود، دارای شباهت ژنتیکی با سویه‌های مختلفی از کروناویروسی است که در حال حاضر جمعیت پولک‌پوست سوندا (پانگولین مالایی) در جنوب چین را آلوده کرده‌است. این تحقیق که در مجله نیچر منتشر شده، هشدار می‌دهد که «دست زدن به این حیوانات، به احتیاط قابل توجهی نیازمند است».

ویروس کرونای انسانی
ويروس کرونا انساني موجب سرماخوردگي شده و در گاستروانتريت نوزادان دخالت دارند. ویروس کش خاصی براي عفونت هاي کرونا ويروس وجود ندارد. فیلم پیشرفت کرونا گویا این واقعیت است. دستورالعمل مراقبت بیمار مشکوک به کورونا ویروس جدید را وزارت بهداشت و درمان منتشر نموده است. يک کرونا ويرا باعث شيوع جهاني و سندروم تنفسي حاد بسيار سخت در سال 2002 شد.
کرونا ويروس هاي جانوري موجب بيماري در حيوانات اهلي مي شوند که از نظر اقتصادي اهميت دارند و در حيوانات پست باعث عفونت هاي پايدار در ميزبانهاي طبيعي خود مي گردند. چون کشت کرونا ويروس هاي انساني مشکل است، به همين علت خصوصيات آنها به خوبي شناخته نشده است. تعدادی ورزشکار نیز به این بیماری دچار شده بودند. دو گروه آنتي ژني از کرونا ويروس هاي انساني به نام نژاد 229E و OC43 وجود دارند. کرونا ويروسي که در سال 2002 از مبتلا به سندروم حاد تنفسي (سارس) جدا شد، در گروه 2 به عنوان OC43 قرار دارد.
کرونا ويروس هاي حيوانات اهلي و جوندگان در اين دو گروه قرار دارند. گروه متمايز آنتي ژني ديگري (سومين گروه) يافت شده است به نام ويروس برونشيت عفوني مرغ ها که به خوبي مورد بررسي قرار گرفته است. به نظر مي رسد که نا هم تيپي عمده آنتي ژني در بين نژادهاي يک گروه يعني نژاد 229E وجود دارد. واکنش متقاطع بين برخي از نژادهاي انساني با بعضي از نژادهاي جانوري وجود دارد. بعضي از اين ويروس ها داراي هماگلوتينين مي باشند.

بيماري‌زايي
کرونا ويروس ها به مقدار زياد، اختصاصي گونه هستند. پاتوژنز بيماري هاي آنها در انسان به خوبي شناخته نشده است. اکثر کرونا ويروس هاي حيواني به سلولهاي اپي تليال مجراي تنفسي و گوارشي حيوانات گرايش دارند. عفونت هاي کرونا ويروس در انسان معمولا به مجاري فوقاني تنفسي محدود مي‌شود.
اپيدمي سال 2003 ويروس سارس، توسط بيماري تنفسي جدي، شامل پنومي و نقص تنفس پيش رونده مشخص شد. به نظر مي رسد که ويروس از ميزبان غير انسان منشا گرفته و قابليت عفوني کردن انسان را به دست آورده باشد. در مناطق روستايي جنوب چين که اپيدمي از آنها آغاز شد، انسان، خوک و ماکيان اهلي در کنار هم زندگي مي کردند و بسياري از گونه هاي وحشي جهت مصارف غذايي و طب سنتي مورد استفاده قرار مي گرفتند. اين شرايط باعث بروز سويه هاي جديد ويروس گرديد.
به نظر مي‌رسد که برخي کرونا ويروس ها عامل گاستروانتريت در انسان هستند ولي تا بحال جدا نشده اند.

يافته‌هاي باليني
کرونا ويروس هاي انساني معمولا موجب سرماخوردگي بدون تب، در بزرگسالان مي شوند. علائم عفونت هاي کرونا ويروس تنفسي در انسان مشابه عفونت هاي راينوويروس مي باشد و به صورت آبريزش بيني و بي قراري ظاهر مي شود. دوره کمون اين بيماري حدود 2 تا 5 روز است و بيماري حدود 1 هفته ادامه دارد. مجراي تحتاني تنفسي به ندرت گرفتار مي شود، اگر چه پنوموني در سربازان به عفونت با کرونا ويروس ها نسبت داده شده است. کودکان مبتلا به آسم، از حملات زياد عطسه رنج مي برند. بيماري ريوي مزمن در بزرگسالان ممکن است علائم تنفسي را تشديد کند.
کرونا ويروس جديد شناخته شده به نام سارس، باعث بيماري هاي تنفسي سختي مي شود. دوره انکوباسيون حدود 6 روز است. علائم اوليه شامل تب لرز، بي حالي، سرگيجه، سرفه و گلودرد هستند و پس از چند روز تنگي نفس پديدار مي شود. بسياري از بيماران راديوگرافي غير عادي قفسه سينه دارند. برخي موارد به سرعت به سوي ديسترس تنفسي حاد پيشرفت مي کنند و نياز به حمايت هاي تنفسي (تنفس مصنوعي) پيدا مي کنند. مرگ، حاصل نقص تنفسي پيش رونده است که حدود 10 درصد موارد ميزان مرگ و مير بين ميانسالان بالاتر است.
علائم باليني انتريت همراه با کرونا ويروس هنوز به خوبي مشخص نشده است. به نظر مي رسد که اين عفونت ها، مشابه عفونت هاي روتاويروس باشند.

تشخيص آزمايشگاهي
تست هاي آزمايشگاهي، به طور معمول براي تشخيص عفونت هاي کرونا ويروس ها (مگر در مورد بيماري SARS) صورت نمي گيرند. روش موجود براي تشخيص کرونا ويروس ها از جمله SARS – Cov، رديابي ژنوم RNA ويروس در مجراي تنفسي و نمونه هاي مدفوع به کمک RT-PCR مي باشد. جداسازي کرونا ويروس ها، مشکل مي باشد و در مورد SARS-Cov به شرايط (biosafety level 3) نياز مي باشد. آزمايش نمونه هاي مشکوک به وجود SARS-Cov، بايد با در نظر داشتن شرايط BSL-2 در آزمايشگاه‌هاي ويروس شناسي صورت گيرد. آزمايش سرولوژي با بهره گيري از آزمايش اليزا، مي‌تواند در ارزيابي سرم هاي حاد و بهبود يافته، کمک کننده باشد. ميکروسکوپ الکتروني، در رديابي ذرات مشابه کرونا ويروس در نمونه هاي مدفوع به کار مي رود.

اجزای ویروس
کرونا ویروس ها، ویروس هایی با اندازه متوسط، پوشش دار و RNA دار تک رشته (رشته مثبت) هستند که نام گذاری آنها بخاطر شکل مشابه تاج در زیر میکروسکپ الکترونی می باشد. این ویروس ها بزرگترین ژنوم از نوع RNA با طول 27 تا 32 کیلوباز را در بین ویروس ها دارند و اندازه ویروس حدود 120 نانومتر می باشد.
غشای این ویروس ها مشتق شده از میزبان است و دارای گلیکوپروتئین هایی می باشد که همانند میخ (spike) روی آن قرار گرفته اند و و ژنوم را احاطه کرده است که آن هم در نوکلئوکپسید محصور می باشد که در حالت غیرفعال به صورت مارپیچ قرار می گیرد اما در حالت فعال ویروس شکل کروی پیدا می کند.
تکثیر RNA ویروس در سیتوپلاسم میزبان با مکانیسم منحصر به فردی اتفاق می افتد که در آن RNA پلیمراز میزبان به توالی هدف در ویروس متصل شده و سپس جدا می شود و مجدد به چندین مکان مختلف متصل می شود که این عمل باعث ساخت شبکه ی در هم پیچیده ای از mRNA با انتهای 3’ می گردد.

ژنوم ویروس 4 یا 5 پروتئین ساختاری را کد می کند که عبارتند از:
• N، M، S، HE و E.
HCOV-299E، HCOV-NL63 و SARS دارای 4 ژن می باشند که پروتئین های N، M، S و E را کد می کنند در حالی که HCOV-OC43 و HCOV-HKU1 دارای ژن کد کننده پروتئین HE نیز می باشند.
پروتئین (S) از پوشش ویروس بیرون زده است و شکل شبیه تاج را ایجاد می کند. این قسمت بسیار گلیکوزیله است و هموترایمری را تشکیل می دهد که اتصال به غشای میزبان را وساطت می کند. آنتی ژن های اصلی محرک خنثی سازی آنتی بادی و همچنین نقاط هدف لنفوسیت های کشنده روی پروتئین S قرار دارد.
پروتئین M (پروتئین غشایی) دارای دمین انتهای N می باشد که روی سطح خارجی پوشش ویروس قرار گرفته و 3 بار دور پوشش تاب خورده است به طوری که انتهای C بلند آن داخل پوشش قرار می گیرد. این پروتئین نقش مهمی در گردهمایی قطعات مختلف ویروس بازی می کند.
پروتئین نوکلئوکپسید (N) در ارتباط با ژنوم RNA برای تشکیل نوکلئوکپسید می باشد. این پروتئین احتمالا در تنظیم ساخت RNA ویروس دخالت دارد و با پروتئین M هنگام جوانه زدن ویروس همکاری می کند. مناطق شناسایی لنفوسیت های T کشنده نیز روی این پروتئین مشخص شده اند.
گلیکوپروتئین هماگلوتینین استراز (HE) تنها در نوع بتا از کروناویروس ها یافت می شود. بخش هماگلوتینین به نورامینیک اسید روی سطح میزبان متصل می شود و استراز گروه های استیل را از نورامینیک اسید جدا می کند. ژن های HE کروناویروس دارای هومولوژی در توالی همین ژن در آنفولانزا نوع C می باشند که نشان دهنده نوترکیبی بین این دو ویروس است.
پروتئین کوچک پوشش (E) قسمت انتهای C خود را داخل پوشش قرار داده و سپس دور پوشش تاب می خورد و انتهای N خود را نیز داخل پوشش قرار می دهد. عملکرد آن شناخته شده نیست اما در ویروس SARS-COV این پروتئین همراه با پروتئین M و N برای تشکیل ساختار ویروسی و آزادسازی آن نقش مهمی دارد.

سروتایپ‌های ویروس
کروناویروس ها در بین پستانداران و پرندگان شایع هستند و خفاش ها بعنوان میزبان بسیاری از ژنوتایپ های آنها می باشند. کروناویروس های حیوانی و انسانی در 4 گروه مختلف قرار می گیرند. پنج سروتایپ کرونا ویروس non-SARS بیماری زا در انسان شناخته شده است: HCOV-229E,HCOV-NL63,HCOV-HKU1 و کرونا ویروس MERS-COV که در 2012 ظهور کرد.
آلفاکرونا ویروس ها دارای دو گونه ی بیماری زای انسانی هستند: HCOV-229E و HCOV-NL63. HCOV-229E، شبیه بسیاری از آلفاکرونا ویروس های حیوانی آمینوپپتیداز N(APN) را به عنوان رسپتور اصلی خود می سازند. برخلاف این HCOV-NL63 شبیه SARS-COV (بتا کرونا ویروس) از آنزیم (ACE) استفاده می کند. آلفاکرونا ویروس های مهم حیوانی قابل انتقال از مسیرگوارشی خوک ها و عامل عفونت پریتونیت در گربه سانان می باشند. چندین کروناویروس خفاش هم در بین آلفاکرونا ویروس ها وجود دارد.
دو نوع از گونه های non-SARS از بتاکروناویروس ها (HCOV-OC43 و HCOV-HKU1) دارای فعالیت هماگلوتینین استراز هستند و احتمالا از سیالیک اسید به عنوان رسپتور استفاده می کنند. این دسته همچنین شامل چندین ویروس خفاش است: (MERS-COV و SARS-COV) با این حال از نظر ژنتیکی با دوتای دیگر یعنی HCOV-OC43 و HCOV-HKU1 مقداری فاصله دارند. بتاکروناویروس های مهم حیوانی شامل ویروس هپاتیت موشی است که یک مدل آزمایشگاهی برای هر دو ویروس هپاتیت و بیماری دمیلینه شدن دستگاه عصبی مرکزی است و همچنین کرونا ویروس گاو که عامل ایجاد اسهال در گوساله می باشد. کرونا ویروس گاوی به HCOV-OC43 شباهت بسیار دارد به طوریکه هردو ویروس را در یک گونه به نام «بتاکروناویروس 1» قرار داده اند.
تعیین توالی کل ژنوم و بررسی های فیلوژنیک نشان می دهد که کورونا ویروس عامل COVID-19 یک بتا کروناویروس است و در زیرجنس مشابه اما جد متفاوت با ویروس SARS قرار دارد (همانند بسیاری از بتاکروناویروس ها). ساختار مکان ژنی متصل شونده به رسپتور بسیار شبیه این ساختار در SARS می باشد و این ویروسها از گیرنده ی یکسانی (ACE2) برای ورود به سلول استفاده می کنند. اینکه COVID-19 بطور مستقیم از خفاش منتقل می شود یا مکانیسم دیگری دارد ناشناخته مانده است.
گاما کرونا ویروس ها شامل کروناویروس های اولیه مرغی هستند و بیشترین نوع آن ویروس عامل برونشیت در مرغ ها است. این ویروس ها پاتوژن های مهم دامپزشکی هستند که عامل بیماری تنفسی و مجاری هوایی در مرغ هاست.
دلتا کرونا ویروس ها شامل کرونا ویروس های تازه کشف شده در چندین گونه از پرندگان آوازخوان می باشند.
هیچ کدام از کرونا ویروس های انسانی که از جامعه گرفته شده اند در محیط کشت بافت به راحتی تکثیر نمی شوند و اخیرا این موضوع مطالعه در مورد آنها را دشوار کرده است. هردو ویروس HCOV-229E و HCOV-OC43 در ده ی 1960 کشف شده اند و مطالعات در دهه های 1970 و 1980 آنها را عامل یک سوم عفونت های مجاری هوایی فوقانی در هنگام زمستان و 5 تا 10 درصد علل تمامی سرماخوردگی های بزرگسالان و تعدادی از بیماری های خفیف تر در کودکان نشان دادند. تا زمان شیوع SARS در 2002 و پیشرفت روش های مولکولی در مورد این ویروس ها اطلاعات اندکی وجود داشت. سپس HCOV-NL63 و HCOV-HKU1 به سرعت کشف شدند و نشان داده شد که گستردگی جهانی دارند. در سال 2012 MERS در خاور میانه شیوع پیدا کرد و در سپتامبر 2019 جهان شاهد ویروسی واگیردارتر به نام COVID-19 شد.
مطالعه اخیر که اهمیت دو نوع از کووید-19 را پیشنهاد دادند مورد انتقاد قرار گرفت.
در بررسی فیلوژنیک 103 سویه SARS-COV-2 از چین دو نوع مختلف از آن شناسایی شده است: نوع L که 70 درصد این سویه را تشکیل داده است و نوع S که 30 درصد بقیه را شامل می شود. نوع L در روزهای اول اپیدمی در چین شایع شد اما در خارج از ووهان میزان کمی به خود اختصاص داد. لیکن تفسیر پیچیدگی های کلینیکی این یافته ها قابل اطمینان نیستند. نتایج این مطالعه بخاطر ضعف متدولوژی، توسط بعضی از محققان مورد انتقاد قرار گرفت و به نظر می رسد قابل اعتماد نیست.

سرعت جهش ویروس
بنظر می رسد سالیانه حدود 24 جهش در ویروس کرونا رخ می دهد و میزان 2 جهش در هر ماه شبیه سایر RNA ویروس ها مثل آنفولانزاست. این نوع از کرونا ویروس دارای ژنوم بلندتری نسبت به آنفولانزاست بنابراین نسبت تعداد جهش ها به تعداد بازهای قابل جهش کمتراست. لیکن هیچ کدام از جهش های COVID-19 به اندازه ی جهشی که در پروتئین Spike (عامل اتصال ویروس به سلول میزبان) ایجاد می شود برای تولید واکسن مهم نیست.

تأثیر جهش
میزان جهش همانطور است که انتظار می رود. جهش به طور رندوم و به شکل قسمتی از چرخه ی زندگی رخ می دهد. بعضی از جهش ها ویروس را از بین می برند و برخی دیگر برای آن مفید هستند و ما به دنبال این اثر از جهش هستیم ولی تا الان شواهد کافی برای تکامل سازگارانه وجود ندارد که این موضوع با سایر شیوع های مشاهده شده مانند ابولا نیز همخوانی دارد.

طبقه‌بندي
طبقه بندي جديد، خانواده کروناويريده را به دو زير خانواده کروناويرينه و لتوويرينه تقسيم ميکند. زيرخانواده کروناويريده شامل چهار جنس آلفا کروناويروس، بتا کروناويروس، گاما کروناويروسها و دلتا کروناويروس ها است. کروناويروسهاي انساني 229E و 63-NL در جنس آلفا کروناويروس و کروناويروسهاي انساني بتا جنس در OC-43 و SARS،MERS،HKU-1 کروناويروس قرارميگيرند. با مشخص شدن توالي ژنومي کروناويروس انساني جديد 2-CoV-SARS، اين ويروس نيز در جنس بتا کروناويروس قرار داده شده است. روي هم رفته تاکنون 1 کروناويروس انساني شناسايي شده است که دو مورد آن در جنس آلفا کروناويروس و پنج مورد آن در جنس بتا کروناويروس قرار دارند.
2-CoV-SARS، سومين کروناويروس پس ازدو ويروس SARS و MERS در دو دهه اخير است که با عبور از گونه هاي حيواني توانسته انسان ها را آلوده نمايد. به طور کلي آلفا و بتا کروناويروس ها عمدتاً پستانداران را آلوده کرده و بيماري هاي انساني و حيواني ايجاد مي کنند. در مقابل، گاما کروناويروس ها و دلتا کروناويروس ها عمدتاً پرندگان را آلوده مي‌کنند؛ با اين حال بعضي از آنها مي توانند پستانداران را نيز آلوده نمايند. صرف نظر از کروناويروس‌هاي انساني که به آن اشاره شده است، آلفا کروناويروس‌ها شامل کروناويروس‌هاي خفاشي مختلف، کروناويروس جوندگان نظير موش، کروناويروس راسو و ويروس اسهال اپيدميک خوکي و بتا کروناويروس ها نيز شامل کروناويروس‌هاي موشي مختلف و کروناويروس‌هاي خفاشي متعدد مي‌باشند (24).

ويروس‌شناسي
کروناويروس 19-COVID، يک ويروس پوششدار با ژنومي از نوع ريبو نوکلوئيک اسيد به طول 8/29 کيلو باز مي‌باشد. ژنوم اين ويروس داراي 14 قالب خواندن 91 که مي باشد Open reading) (frame=ORF باز پروتئين را کد مي کنند. ژنهاي orf1ab و orf1a که در انتهاي ‘5 ژنوم قرار دارند، پروتئينهاي pp1ab و pp1a را به ترتيب کد ميکنند. اين دو ژن با همديگر 15 پروتئين غيرساختماني nsp12-nsp16 و nsp1-nsp10 را بيان مي‌کنند. از سوي ديگر در انتهاي ‘1 ژنوم، چهار پروتئين ساختماني شامل پروتئين سطحي اسپايک (s) پروتئين پوششي (E) پروتئين غشايي (M) پروتئين نوکلئوکپسيد (N) و هشت پروتئين فرعي شامل 3a، ژنوم. ميشود کد orf14 و 9b،8b ،7b ،7a ،p6 ،3b کروناويروس جديد در بعضي نواحي، تفاوت‌هاي قابل توجهي با ژنوم کروناويروس SARS دارد. به عنوان مثال، پروتئين 8a در کروناويروس SARS وجود دارد؛
در حالي که اين پروتئين در کروناويروس جديد 2-CoV-SARS وجود ندارد. همچنين پروتئين 8b در کروناويروس SARS داراي 84 اسيد آمينه ميباشد، در حالي که طول اين پروتئين در کروناويروس جديد 2-CoV-SARS بلندتر و 190 اسيد آمينهاي مي باشد.
از طرف ديگر، پروتئين 3b در کروناويروس SARS طولي برابر با 154 اسيد آمينه دارد، حال آنکه طول اين پروتئين در کروناويروس جديد 2-CoV-SARS کوتاه تر و 99 اسيد آمينه اي است.
آناليز فيلوژنتيکي نشان داده است که کروناويروس جديد 2-CoV-SARS با دو کروناويروس شبه SARS خفاشي به نام های bat- SL CoVZXC21- و bat-SL-CoVZC45 در ارتباط نزديکي است (89-88 درصد شباهت)، اما با کروناويروس هاي SARS(تقريباً 79 درصد) و MERS(تقريباً 50 درصد) شباهت کمتري دارد. آناليز فيلوژنتيکي همچنين نشان مي دهد که کروناويروس جديد 2-CoV-SARS با کروناويروس در گردش در رينولوفوس (خفاشهاي نعل اسبي) مشابه است (7/98 درصد شباهت نوکلئوتيدي با ژن پليمراز سويه کروناويروس خفاشي 4991/BtCoV و 2/81 درصد شباهت نوکلئوتيدي با کروناويروس خفاشي سويه CoVZC45-SL-bat و CoVZXC21-SL-bat).
اين يافته ها نشان مي دهد که اين کروناويروس هاي خفاشي و کروناويروس جديد 2-CoV-SARS داراي يک جد مشترک مي باشند.
بر اساس يافته هاي حاصل از تحقيقات ژنومي و همچنين حضور بعضي از خفاشها و حيوانات زنده در بازار مواد غذايي دريايي در شهر ووهان، کروناويروس جديد 2-CoV-SARS ممکن است از خفاش ها يا مواد آلوده به فضوالت خفاشها در اين بازار يا نواحي اطراف آن منشأ گرفته باشد (22).
بر اساس اطلاعاتي که در حال حاضر وجود دارد، به نظر ميرسد که ميزبان اوليه و طبيعي کروناويروس جديد، خفاش ها هستند و در ادامه، اين ويروس وارد يک ميزبان حدواسط (احتمالا مورچه خوار) يا ساير حيوانات وحشي جهت فروش در بازار ووهان شده و متعاقباً از اين ميزبان حدواسط به انسان منتقل شده است. سپس فرآيند انتقال انسان به انسان آغاز شده و اپيدمي حاضر شکل گرفته است.
اين که مشخصاً از مورچه خوار به عنوان ميزبان حدواسط نام برده شده است به اين دليل است که 70 درصد از مورچه خوارها از نظر وجود کروناويروس مثبت بوده اند. افزون بر آن، کروناويروس هايي که از مورچه خوارها جداسازي شده است، داراي شباهت نوکلئوتيدي 77 درصدي با کروناويروس جديد 2-CoV-SARS مي باشد. از اين رو، اين که مورچه خوارها به عنوان ميزبان حدواسط جهت انتقال کروناويروس جديد از خفاش ها به انسان عمل کنند بسيار محتمل به نظر مي رسد.14
گليکوپروتئين سطحي اسپايک (S) کروناويروس ها، نقش اساسي در اتصال به گيرنده سطح سلولي داشته و نقش تعيين کنندهاي در گرايش بافتي ايفا ميکند. مطالعات قبلي نشان داده است که ويروس SARS براي ورود به داخل سلول از آنزيم مبدل آنژيوتانسين نوع 2 به عنوان گيرنده سلولي استفاده مي کند. در مطالعات اخير نيز مشخص شده است که کروناويروس جديد 2-CoV-SARS نيز از آنزيم مبدل آنژيوتانسين نوع 9 به عنوان گيرنده براي ورود به داخل سلول استفاده مي کند. 15